鴇羽舞衣與弟弟巧海在搖擺的郵輪上等待到案，他們的目的地是名為“風華學園”的高等學校。父母雙亡的舞衣意外獲得了風華學院的獎學金，決定與弟弟一起轉到這所學校。
大海航行之中，舞衣突然發現大海上漂流的一名少女。這名抱著大劍的少女名叫美袋命，舞衣將她救上船。隨后，船上又出現一名名叫玖我夏樹的神秘長發女子。夏樹見到命之后立即要取對方性命，并召喚出機械獸參加戰斗！舞衣被眼前發生的情景震驚，但此時，她的超能力也覺醒！原來舞衣也是擁有“HiME力量”的超能力者。
戰斗過后，舞衣與弟弟巧海繼續向風華學園前進，卻不知道，那里等待他們的，是HiME力量的秘密與宿命的束縛。
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