距圣誕節僅有8天時間，SOS團在涼宮春日的號召下，不出意料地策劃了一場圣誕狂歡派對。但就在12月18日這天早晨，阿虛卻發現周圍的世界有了些許變化。1年9班消失不見，朝比奈學姐視其形同路人，甚至早已死去的朝倉也代替涼宮春日坐在了阿虛的后面，而春日則如同人間蒸發一般無人知曉。當他沖向SOS團的教室時，只看到了孤零零坐在角落里看書的長門有希，一向淡定自若、冷如冰霜的長門大神也變成了怯懦害羞的乖乖女。從前一日長門留下的蛛絲馬跡中，阿虛判斷出這個世界似乎被某人重組了一番。
此時的阿虛，握有連接兩個絕然不同世界的鑰匙，他面臨著重大的選擇……
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